Présentation
La plateforme de bio-informatique de l’IBIS est composée d’une équipe multidisciplinaire de professionnels au service des chercheurs et chercheuses. La plateforme met à leur disposition un équipement informatique de calcul haute performance et de stockage de données.
Nous travaillons avec les chercheurs et chercheuses de l’IBIS, de l’Université Laval, ainsi qu’avec les chercheurs et chercheuses à l’externe (universités, gouvernements, organisations privées).
Vision et mission
L’objectif de notre équipe est d’accélérer la recherche dans les domaines de l’environnement, l’agriculture, la foresterie, la santé humaine, ainsi qu’en recherche fondamentale.
Nous contribuons, par des analyses de haute qualité, une infrastructure de calcul et du support, à des projets de génomique et de protéomique qui ont des impacts positifs sur la société.
Notre équipe
Eric Normandeau
- Reponsable de plateforme
- Analyste génomique
Halim Maaroufi
- Analyste protéomique / métagénomique
Stéphane Larose
- Administrateur en ressources informationelles
Jérôme Laroche
- Coordonnateur de Genovalia
Analyses génomiques
- Génotypage par Séquençage (GBS)
- Reséquençage de génomes complete (WGS)
- Transcriptomique (RNA-seq, avec référence)
- Analyses et développement de pipelines sur mesure
- Recherche de similitude entre séquences
- Assemblage de génomes
Analyses métagénomiques
- Métabarcoding d’ADNe eukaryote (12S, COI…)
- Métabarcoding de bactéries et champignons 16S, 18S et ITS
- Métagénomique d’ADNe bactérienne (shotgun)
- Reconstruction phylogénétique
Analyses protéomiques
- Prédiction de fonctions de protéines à partir de séquences
- Modélisation 3D de protéines par homologie, threading ou ab initio
- Docking moléculaire: protéine-ligand, protéine-peptide et protéine-protéine
- Étude de la structure-fonction des peptides antimicrobiens
- Prédiction des effets des mutations sur la structure-fonction d’une protéine
- Dynamique moléculaire des protéines (GROMACS)
- Annotation de séquences
Services informatiques
- Compilation / Installation / Mise à jour de logiciels
- Aide à l’utilisation d’un compte Linux et des serveurs de calcul
- Hébergement de serveurs et administration système de ceux-ci sous Linux
- Développement / Modification de scripts, logiciels, pages Web
- Gestion de l’espace de stockage des partitions
- Administration de base de données
- Archivage de données sur ruban
Formations
- Analyse des gènes rRNA 16S et ITS par les logiciels MOTHUR et QIIME-2
- Modélisation 3D des protéines et docking