Présentation
La plateforme de bio-informatique de l’IBIS est composée d’une équipe multidisciplinaire qui travaille au service de la recherche en depuis 2009. Nous offrons du support bio-informatique aux chercheurs et chercheuses de l’IBIS, de l’Université Laval, ainsi qu’à l’externe (universités, gouvernements, organisations privées). Explorez notre offre de services dans le menu déroulant “Services offerts”.
Vision et mission
Nous mettons notre expertise bio-informatique au service de la recherche dans les domaines de la conservation, l’environnement, l’agriculture, la foresterie et la santé humaine, tout contribuant à la recherche fondamentale en génomique. Notre travail contribue au développement durable, aux pratiques agricoles innovantes, à la conservation des forêts et aux avancées en matière de santé humaine.
Services clé en main
L’IBIS offre des services clé en main de séquençage et de bio-informatique. Pour plus d’information sur nos services de séquençage, visitez la page de la plateforme d’analyse génomique de l’IBIS et contactez-nous pour obtenir de plus amples informations !
Notre équipe
Eric Normandeau
- Reponsable de plateforme
- Spécialiste en génomique et métagénomique
- Google Scholar profile
Halim Maaroufi
- Spécialiste en protéomique et métagénomique
- Google Scholar profile
Laurie Lecomte
- Spécialiste en génomique
- Google Scholar profile
Stéphane Larose
- Administrateur en ressources informationelles
Analyses génomiques
- Génotypage par Séquençage (GBS)
- Reséquençage de génomes complete (WGS)
- Transcriptomique (RNA-seq, avec référence)
- Analyses et développement de pipelines sur mesure
- Recherche de similitude entre séquences
- Assemblage de génomes
Analyses métagénomiques
- Métabarcoding d’ADNe eukaryote 12S, COI…
- Métabarcoding de bactéries et champignons 16S, 18S et ITS
- Métagénomique d’ADNe bactérienne (shotgun)
- Reconstruction phylogénétique
Analyses protéomiques
- Prédiction de la structure d’une protéine par AlphaFold 3, Chai-1 and ESMFold
- Annotation de la fonction des protéines
- Interactions d’une protéine avec protéine, peptide, ADN, ARN et ions (AlphaFold 3 and Chai-1)
- AlphaPulldown (pour découvrir de nouvelles protéine-protéine interactions)
- Étude de la structure-fonction des peptides (anti-microbiens, inhibiteurs, etc.)
- Prédiction des effets des mutations sur la structure-fonction d’une protéine
- Design in silico de nouveaux peptides ‘binders’
- Dynamique moléculaire des protéines
Services informatiques
- Compilation / Installation / Mise à jour de logiciels
- Aide à l’utilisation d’un compte Linux et des serveurs de calcul
- Hébergement de serveurs et administration système de ceux-ci sous Linux
- Développement / Modification de scripts, logiciels, pages Web
- Gestion de l’espace de stockage des partitions
- Administration de base de données
- Archivage de données sur ruban
Soutien à la recherche
- Aide pour montage de demandes de financement
- Planifier design expérimental, technologies et analyses
- Plan de gestion de données
Formations
- Analyse des gènes rRNA 16S et ITS par les logiciels MOTHUR et QIIME-2
- Modélisation 3D des protéines et docking