La plateforme de bio-informatique de l’IBIS est composée d’une équipe multidisciplinaire de professionnels au service des chercheurs et chercheuses. La plateforme met à leur disposition un équipement informatique de calcul haute performance et de stockage de données.
Les membres de l’équipe possèdent une vaste gamme d’expertise dans l’analyse des données issues de la génomique, de la biologie structurale et de la protéomique.
L’équipe travaille au développement de solutions originales dans le traitement des données génétiques nécessitant des techniques de calcul et de programmation de pointe.
Les membres de l’équipe collaborent régulièrement avec les chercheurs afin d’offrir une formation technique et une expertise en bio-informatique permettant d’utiliser les superordinateurs et de réaliser leurs projets de recherche.
L’équipe travaille avec les chercheurs et chercheuses de l’IBIS, de l’Université Laval, ainsi qu’avec les chercheurs et chercheuses à l’externe (universités, gouvernements, organisations privées).
Analyses génomiques
- Recherche de variants génétiques par l’approche de Génotypage par Séquençage (GBS) avec ou sans génome de référence
- Assemblage de génomes
- Assemblage de transcriptome
- Recherche de similitude (blast)
- Manipulation de fichiers de séquences
- Recherche de methylation (sur séquences nanopore)
- Annotation de séquences
Le responsable pour ces analyses est Jérôme Laroche.
Analyses métagénomiques
Analyses protéomiques
- Prédiction de la fonction d’une protéine à partir de la séquence : pattern, site actif, etc.
- Modélisation 3D d’une protéine par homologie, threading ou ab initio.
- Docking moléculaire: protéine-ligand, protéine-peptide et protéine-protéine.
- Étude de la structure-fonction des peptides antimicrobiens.
- Prédiction des effets des mutations sur la structure-fonction d’une protéine.
- Dynamique moléculaire des protéines (GROMACS).
- Annotation de séquences
La personne responsable de ces analyses est Halim Maaroufi.
Services informatiques
- Compilation / Installation / Mise à jour de logiciels
- Aide à l’utilisation d’un compte Linux et des serveurs de calcul
- Augmentation de l’espace de stockage des partitions
- Archivage de données sur ruban
- Hébergement de serveurs et administration système de ceux-ci sous Linux
- Développement / Modification de scripts, logiciels, pages Web
- Administration de base de données
Le responsable de ces services est Stéphane Larose.
Formations
- Analyse des gènes rRNA 16S et ITS par les logiciels MOTHUR et QIIME-2
- Modélisation 3D des protéines et docking
Pour toute demande d’information concernant ces services, vous pouvez nous joindre à l’adresse courriel support@bioinfo.ulaval.ca