telechargement nanuq

Téléchargement de fichiers de séquences de nanuq

Cette section est destinée à ceux qui souhaitent télécharger leurs résultats de séquençage à partir du NANUQ
plateforme de séquençage en mode ligne de commande et SLURM.

Ce mode est réservé au terminal UNIX

  1. Connectez-vous à la plateforme de séquençage NANUQ
  2. Sélectionnez votre projet contenant vos fichiers de séquence
  3. Sélectionnez l’onglet Ensemble lectures HiSeq
  4. Sélectionnez les librairies en cliquant sur le bouton carré à gauche comme dans l’image
    ci-dessous et cliquez sur l’onglet Télécharger fichiers de lectures:
  5. Dans la fenêtre suivante, cliquez sur les boutons comme dans l’image ci-dessous puis cliquez sur le bouton Télécharger:
  6. Une fenêtre comme celle-ci apparaîtra. Cliquez sur Enregistrer le fichier puis OK
  7. Vous devriez alors avoir un fichier nommé readSetLinks.zip dans le dossier de téléchargement de votre
    ordinateur personnel. Transférez ce fichier dans votre compte sur thoth ou manitou.
  8. Connectez-vous à thoth ou manitou et utilisez la commande unzip readSetLinks.zip. Alors vous
    aura 3 fichiers avec les mêmes noms que ceux-ci:
    run_wget.sh
    readSetLinks.txt
    Lisezmoi_fr.txt

Le fichier readSetLinks.txt contient les liens vers vos fichiers de séquençage.

Suivez les instructions du fichier Lisez-moi. Vous pouvez exécuter le script bash run_wget.sh avec la commande slurm pour le mode interactif srun ou utilisez le modèle slurm ci-dessous pour
créez votre propre fichier de commandes slurm. Il est fortement recommandé d’utiliser l’option la plus récente.

#!/bin/bash

#SBATCH -J nanuq_wget
#SBATCH -o nanuq_wget-% j.out
#SBATCH -c 1
#SBATCH -p small
#SBATCH –mail-type = ALL
#SBATCH –mail-user =
#SBATCH –time = 1-00: 00
#SBATCH –mem = 5G

J_USER =
J_PASS =

echo -n « j_username = $ J_USER & j_password = $ J_PASS »> .tmp598745661.dat

chmod « 600 » .tmp598745661.dat

if [« $ (quel wget) »]
puis
echo « Téléchargement avec Wget »
wget –no-cookies -c -i readSetLinks.txt –post-file .tmp598745661.dat
rm .tmp598745661.dat
autre
echo « Téléchargement avec Curl »
xargs -n1 curl -C -J -L -d « @ .tmp598745661.dat » -O <readSetLinks.txt
rm .tmp598745661.dat
Fi

Ce que vous devez faire est:

  • Ajoutez votre adresse email après le paramètre --mail-user =
  • Écrivez votre login nanuq après le paramètre J_USER =
  • Écrivez votre mot de passe nanuq après le paramètre J_PASS =

Ensuite, soumettez votre fichier batch à SLURM avec la commande sbatch

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