description serveurs

Description des serveurs

L’Institut de Biologie Intégrative et des Systèmes dispose de ses propres serveurs informatiques.

Ces ordinateurs sont principalement dédiés aux travaux bio-informatiques particulièrement gourmands en mémoire et en temps.
Pour les calculs mpi ou série qui ne nécessitent pas plus de 24 Go de mémoire par nœud
(8 cœurs) et 48 heures de temps de calcul, il est suggéré d’utiliser les ressources de Calcul Canada.

superdome flex

Ce serveur de 3 noeuds ayant chacun :

  • 4 CPUs Intel Xeon-P8260 de 24 cœurs
  • 2 GPUs NVIDIA Quatro RTX6000
  • 1.5Tb de mémoire

Cela fait un total de 288 cœurs, 6 GPUs et 4.5Tb de mémoire.

Comment utiliser le nouveau serveur

Si ce n’est déjà fait, vous devez être inscrit à Valéria :
https://valeria.science/inscription

Vous pourrez par la suite vous connecter avec votre IDUL en SSH sur le serveur suivant :
login.valeria.science

Une fois connecté sur Valéria, vous devriez voir à l’aide de la commande sinfo les 3 partitions de calcul ibis_small, ibis_medium et ibis_large. Ces 3 partitions ont le même temps de calcul que sur katak et manitou, soit 1 jour, 7 jours et 21 jours.

Vous pouvez alors lancer des calculs en utilisant l’option -p de sbatch, srun, etc… Par exemple, dans votre script Slurm mettre :
#SBATCH -p ibis_medium

manitou

C’est un ordinateur de la série UV300 SGI et a été mis en service en mars
2016. Il a également une architecture SMP classe ccNUMA avec 128 cœurs de traitement et 2 téraoctets
de RAM. L’ordinateur manitou est principalement utilisé par deux équipes de recherche. Utilisateurs d’autres équipes
ont également accès à ce serveur avec une priorité inférieure.
Les adresses de manitou sont:

manitou.ibis.ulaval.ca

Pour vous connecter à manitou, ouvrez une fenêtre de terminal et entrez la commande:

ssh -Y votre_login@manitou.ibis.ulaval.ca

Sur manitou:

  • 128 cœurs de traitement dédiés au calcul
  • 2 unités de traitement graphique (GPU) NVIDIA 16G Tesla-P100

katak

C’est un ordinateur de la série UV100 SGI et a été mis en service en juin 2011.
Il a une architecture SMP (multiprocessing symétrique) de classe ccNUMA (cache cohérent
accès mémoire non uniforme). Il a 64 cœurs de traitement et 1 téraoctet de RAM.
L’adresse de Katak est:

katak.ibis.ulaval.ca

Pour vous connecter à katak, ouvrez une fenêtre de terminal et entrez la commande:

ssh -Y votre_login@katak.ibis.ulaval.ca

Voici comment les noyaux sont utilisés sur katak:

  • 2 cœurs sont dédiés au système d’exploitation
  • 2 cœurs sont dédiés pour ssh et le système batch SLURM
  • 60 cœurs sont dédiés à l’informatique

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