Patrick Lagüe

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Interactions entre trHbN et les membranes

Mycobacterium tuberculosis synthétise en phase stationnaire l’hémoglobine tronquée N (trHbN). Sous sa forme oxygénée, cette protéine catalyse la réaction d’oxydation de l’oxyde nitrique (•NO) en nitrate. L’efficacité de la protéine è protéger la respiration aérobie de la bactérie de l’effet inhibiteur du •NO constitue un des mécanismes de la bactérie pour déjouer le système immunitaire. En raison de son rôle dans la survie de Mtb au sein des macrophages, la caractérisation structurale et fonctionnelle de trHbN est devenue un sujet d’intérêt. L’étude de trHbN dans un milieu membranaire avec l’aide d’outils de modélisation moléculaire, tout particulièrement la dynamique moléculaire, a pour but de mieux comprendre l’impact du milieu sur la structure et la fonction de la protéine. Le projet consiste principalement à la construction, la production de trajectoires et l’analyse de système pour la protéine insérée dans une membrane avec présence ou non de ligand.

Propriétés dynamiques des β-lactamases

Les enzymes beta-lactamases sont le principal mécanisme de résistance bactérienne aux antibiotiques beta-lactamines. Grâce à une approche combinant spectroscopie RMN et simulations par dynamique moléculaire, nous caractérisons les propriétés dynamiques des β-lactamases de classe A. Élucider les mécanismes de reconnaissance et de catalyse permet de comprendre les liens entre les variations structurales et la spécificité des substrats des β-lactamases. L’information ainsi obtenue pourra faciliter l’ingénierie rationnelle de nouveaux antibiotiques.

Étude des changements conformationnels du peptide de fusion de l’hémagglutinine du virus influenza

Ce projet vise à comprendre le mécanisme par lequel le peptide de fusion du virus influenza parvient à catalyser la fusion membranaire. La compréhension de ce phénomène est essentielle au développement thérapeutique car le cycle infectieux d’influenza nécessite la fusion entre la membrane du virus et celle de sa Cellule cible. Le comportement du peptide de fusion en présence de membranes lipidiques est étudié dans ce projet grâce à des simulations de dynamique moléculaire. Cette méthode permet d’obtenir d’importante informations sur l’interaction entre le peptide de fusion et les membranes lipidiques à l’échelle atomique.